Постановлением Правительства №389 от 3 августа 1993 года были начаты работы по строительству завода, и в короткие сроки 22 августа 1997 года удалось ввести в эксплуатацию.
В течение последних 25 лет завод бесперебойно обеспечивает потребителей республики нефтепродуктами, необходимыми для отраслей экономики и населения республики.

В связи с 25-летием Бухарского нефтеперерабатывающего завода в здании Молодежного центра города Бухары было организовано торжественное мероприятие. Мероприятие было открыто с праздничным поздравлением Председателя Правления АО «Узбекнефтегаз» Мехриддина Абдуллаева.
Хоким Бухарской области Ботир Зарипов, посетивший торжественное мероприятие, выразил благодарность и искренние пожелания руководству и работникам АО «Узбекнефтегаз» и завода, которые за прошедший период неустанно работали над бесперебойным обеспечением нефтепродуктами, необходимыми для отраслей экономики и населения республики.

Анализируя деятельность завода за последние 5 лет, можно увидеть, что сначала удалось наладить производство высокооктановых бензинов марок АИ-91, 92, 93, 95, а затем экологически чистого дизельного топлива ЭКО и современного авиационного топлива для авиалайнеров Джет A-1. Еще одним достижением является запуск в начале текущего года производства дизельного топлива экологической категории Евро-4, 5.
Переработка около 2 миллионов тонн сырья в год, увеличение использования мощностей завода из года в год, уплата налогов в местный и республиканский бюджеты почти на 5 триллионов сумов, выполнение ряда социальных задач является результатом проводимых реформ. АО «Узбекнефтегаз» и коллектив завода и впредь нацелены на большие планы и успехи.

Следует отметить, что устойчивая работа и развитие предприятия во многом зависит от профессионализма работников.
По этой причине для повышения квалификации сотрудников организованы постоянные курсы, налажена работа в крупных международных компаниях по обмену опытом. Это показывает свою эффективность в сегодняшних достижениях завода. 90 работников, внесших свой вклад в развитие завода, были награждены в честь 25-летия создания Бухарского нефтеперерабатывающего завода.

Они награждены медалями со стороны Министерства энергетики Республики Узбекистан, АО «Узбекнефтегаз», Федерации профсоюзов Республики Узбекистан и хокимията Бухарской области, а также вручены памятные подарки.
В последние годы на заводе достигнуты успешные результаты по расширению межотраслевых кооперационных связей. В частности, в сотрудничестве с ООО «Квалитет Восток Групп» была задействована в использовании смазывающая присадка для дизельного топлива Евро 4-5, совместно с АО «Ферганаазот» заменен импорт химреагента тринатрийфасфат, совместно с ООО «Штурвал» произведена замена импортного активированного угля на установке аминовой очистки, а также силикагеля используемого для осушки воздуха КИПиА.
2020-2021 гг. было произведено дизельное топливо Евро 4-5 со сверхнизким содержанием серы, автомобильный бензин с улучшенными эксплуатационными свойствами «QuWatt» AИ-95, технический жидкий кислород и впервые в истории Узбекистана и Бухарского НПЗ запустили производство высокооктаного бензина АИ-98. В 2022 году освоено производство дизельного топлива класса Евро-6.

Проект «Модернизация и реконструкция Бухарского НПЗ» направлен на увеличение глубины переработки существующих мощностей с 79% до 95%, выхода светлых нефтепродуктов с 77% до 91% и производство нефтепродуктов, отвечающих требованиям стандарта Евро 5.
На торжественном мероприятии, организованном для работников, выступили талантливые артисты и исполнены красивые танцы.